Standardem w rozpoznaniu jednostki chorobowej i przyczyn dolegliwości są badania diagnostyczne:

• nieinwazyjne – badania z próbki śliny, moczu, kału, wymazy, testy wydechowe, inne;
• inwazyjne – badania krwi oraz badania wymagające specjalnego miejsca wykonania np. typu gastroskopia, kolonoskopia.

W celu uniknięcia ewentualnych powikłań w trakcie badań nieinwazyjnych, coraz częściej sięga się po badania nieinwazyjne o wysokiej czułości, wykonywane przez specjalistyczne jednostki laboratoryjne z zachowaniem standardu i procedur.

Spośród badań gastrologicznych najczęściej wykonywane są badania służące wstępnej i przesiewowej ocenie funkcjonowania układu pokarmowego:

• test na rozrost Helicobacter Pylori, Candida Albicans
• Morfologia ogólna, badania
• tTG IgA, IgA całkowite – parametry służące wstępnej serologicznej diagnostyce celiakii. Zgodnie z polskimi wytycznymi dotyczącymi diagnostyki IBS na początku diagnostyki pacjenta gastrologicznego, szczególnie w postaci biegunkowej, ale i w zaparciowej IBS, należy wykluczyć celiakię.
• ASPAT i ALAT –pozwalają na wstępną diagnostykę chorób wątroby i dróg żółciowych. 
• GGTP – bardzo czuły parametr służący do oceny toksycznego uszkodzenia wątroby: polekowego oraz poalkoholowego
• Amylaza – pozwala na wstępną diagnostykę chorób trzustki.
• Lipidogram – ważny do interpretacji medycznej łącznie z parametrami tj. ASPAT, ALAT oraz GGTP. Zaburzenia w lipidogramie mogą świadczyć o stłuszczeniowej chorobie wątroby zależnej od dysfunkcji metabolicznych (metabolic dysfunction associated fatty liver disease – MAFLD).
• Ferrytyna – parametr, którego obniżenie stężenia może sugerować niedobór żelaza wynikający np. z jego upośledzonego wchłaniania z przewodu pokarmowego (min. w przebiegu nieswoistych chorób zapalnych jelit, celiakii) i towarzyszącej temu niedokrwistości z niedoboru żelaza. Podwyższone stężenie ferrytyny, która jest białkiem ostrej fazy bywa obserwowane w różnych stanach zapalnych, a także niektórych chorobach wątroby.
• Glukoza, HbA1c – diagnostyka stanów przedcukrzycowych i cukrzycy. Parametry ważne również w aspekcie szeroko rozumianych zaburzeń metabolicznych (w tym NAFLD/MAFLD). Dodatkowo pakiet Gastro-START uwzględnia 2 badania:
• Kalprotektyna – parametr przesiewowy, szczególnie pomocny u młodych osób z IBS, ale bez objawów alarmowych (tj. utrata masy ciała, krew w stolcu, niedokrwistość) oraz bez objawów sugerujących chorobę nowotworową lub nieswoistą chorobę zapalną jelit – IBD (ang. inflammatory bowel disease).